Этимологический словарь русского языка - чертополох

Общеслав. Сложение черт и полох «страх, испуг» (см. всполошить). Соврем. чертополох < čьrtopolchъ (после развития полногласия и падения редуцированных). Растение названо по использованию его для окуривания хлевов с целью охраны скота от нечистой силы.

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа

Н. М. Шанский, Т. А. Боброва

2004