Общеслав. Суф. производное от той же основы (с чередованием о/е и звонкого/глухого г — к), что меркнуть, мерцать. Моргать буквально — «закрывать глаза».
Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа
Н. М. Шанский, Т. А. Боброва
2004