Словарь русских фамилий - саенко

Может быть, от слова 'сайка' (хлебец), но чаще от имени Сайка, то есть Исайка, Исай. Начальное и в русских именах часто отпадало: Илларион Ларион, Исидор Сидор, наконец, Иван Ваня. (Ф)

В Ономастикоен Веселовского есть Сайко Федорович Медиков, 1545 г. Сайка -1) белый хлеб крутого замеса, 2) мелкая рыба, род наваги.Украинский Саенко, вероятно, в этом же ряду Исай Сай Саенко. .