Словарь русских фамилий - якушенко

В большинстве случаев эти фамилии образованы от прозводной формы крестильного имени Яков Якуш. Якуша.(Э,Н) См. Яковлев Фамилии без специальных суффиксов Якуш характерны для украинской и белорусской ономатики.

Но в словаре Дале есть другое значение слова 'якушъ (волж.) долбежник, плотник-резчик, резки украшений на избы и на суда '. Название специальномсти отца могло стать основой фамилии. И там же якуша 'зелена лягушка' .