Этимологический словарь русского языка - ватрушка

Искон. Происхождение неясно. Скорее всего, суф. образование от творог. Исходное творожка в результате метатезы изменилось в вотрожка (ср. трезвый и диал. тверезый, суровый и диал. суворый и т. д.) и после оглушения ж перед к (> вотрошка) подверглось влиянию слов на -ушка, а вм. о — в результате закрепления аканья на письме. Предполагаемое некоторыми учеными родство этого слова с утраченным в рус. яз. ватра «огонь» или с тереть менее вероятно.

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа

Н. М. Шанский, Т. А. Боброва

2004