Этимологический словарь русского языка - гнедой

Общеслав. Общепринятой этимологии нет. Заслуживают внимания два объяснения: 1) как родственного чешск. snědý «смуглый» (мена звуков г — с такая же, как в город — диал. зород, диал. гмурый «хмурый» — пасмурный и т. д., см.), 2) как суф. производного (суф. -д-, ср. бледный) от той же основы, что и диал. гнетить «разжигать» (огонь), «подрумянивать». В таком случае гнедой буквально — «цвета огня, темно-рыжий».

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа

Н. М. Шанский, Т. А. Боброва

2004