Этимологический словарь русского языка - штаны

Происхождение неясно. Считается заим. из тюркск. яз., в которых иштон < ичтон — «кальсоны» является сложением ич — «внутренний» и тон — «одежда, платье». Однако не исключено, что это слово (ср. др.-русск. стони) является исконно русским, того же корня, что и остег — «одежда», стегать — «шить», без подвижного с (ср. кора — скора), лат. toga — «верхняя одежда, мантия» и т. п. В таком случае оно является производным с помощью суф. -n- от основы *stog- (gn > n, ср. двигать, но двинуть).

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа

Н. М. Шанский, Т. А. Боброва

2004