Этимологический словарь русского языка - ячейка

(углубление, отверстие). Искон. Ум.-ласк. образование посредством суф. -к(а) от ячея, суф. производное (ср. верея) от яча того же корня, что ячмень, а с перегласовкой е/о также и паук, лит. ánka «петля». Исходное значение «сгиб, петля» > «скрепление» (в др.-рус. яз. еще отмечается), затем — «отверстие, дыра (сквозь которые продевается петля, “скрепление”)». См. ячмень.

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа

Н. М. Шанский, Т. А. Боброва

2004