Этимологический словарь русского языка - ядро

Общеслав. Производное с помощью суффикса *-dr- («глухой» вариант -tr-, см. ветер, внутри) от *en «в, внутри» (с перегласовкой о/е содержится в слове утроба, см.). Общеслав. *endro > *ędro > ядро (см. ядреный). Первоначально ядро обозначало «сердцевина, внутренняя часть ч.-л.».

Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа

Н. М. Шанский, Т. А. Боброва

2004