Искон. Возникло на базе выражения подноготная (под ногтем) тайна (от особого рода пытки при допросах в Древней Руси). Ср. подлинный.
Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа
Н. М. Шанский, Т. А. Боброва
2004