Искон. Преф. производное от плека «плечо». Подоплека буквально — «подкладка рубахи» < «то, что под плечом». Значение «тайная причина» вторично. См. плечо.
Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа
Н. М. Шанский, Т. А. Боброва
2004